قبرستان وادی السّلام
یکی از مقدس‌ترین گورستان‌های مسلمانان و شیعیان قبرستان وادی السّلام می‌باشد و در روایات آمده: «هر مؤمنی در شرق یا غرب جهان دیده از جهان بر گیرد به روح او ندا می‌رسد که به وادی السلام ملحق شو» و بدین منظور فرشته‌ای است به نام «مَلَک نقّاله» که ارواح مؤمنان را از سرتاسر جهان به این گورستان می‌آورد. قبرستان وادی السّلام جایگاه‌های مقدسی مربوط با مقام حضرت حجّت (عجّ)، آرامگاه حضرت هود و حضرت صالح (علیهما السلام) در بخش آغازین گورستان وادی السلام و مقام حضرت زین العابدین (علیه السلام) در مغرب شهر نجف دارا می‌باشد.
تکیه بَکتاشی‌ها
در شمال غرب صحن تکیه بَکتاشی‌ها واقع شده که در دوره حاکمیت عثمانیان بر عراق ساخته شد و محل تجمع و برگزاری مراسم صوفیان بکتاشی تُرک بوده است که امروزه به انبار آستانه تبدیل شده است.
مسجد عمران بن شاهین
مسجد کهن عمران بن شاهین در دالان منتهی به باب الطوسی واقع شده و از بنا‌های عمران بن شاهین، حاکم جنوب عراق در نیمه قرن چهارم هجری است.
مسجد خضراء
یکی از مراکز اصلی تدریس در حوزه علمیه نجف مسجد خضراء می‌باشد که در زاویه شمال شرقی صحن واقع گردیده و در سال ۱۳۸۵ هـ. به طرز زیبایی بازسازی شده است.
مسجد بالاسر
در دالان سمت غربی صحن مسجد بالاسر قرار گرفته و در محراب آن قطعاتی از کاشی‌های خشتی متعلق به قرن ششم هجری به چشم می‌خورد.
مسجد صافی صفا
امیر مؤمنان (علیه السلام) در مسجد صافی صفا نمازگزارده و یکی از یاران حضرت در گوشه‌ای از آن مدفون است.
مسجد حنّانه
در میانه بزرگراه نجف ـ. کوفه در محله حنانه مسجد حنّانه واقع شده است که بنا بر گفته روایات، هنگامی که سر امام حسین (علیه السلام) در آن قرار داده شده، به ناله پرداخته و یا تعظیم کرده است؛ از این رو به حَنّانه مشهور است.
مسجد هندی
از مساجد بزرگ و مشهور نجف مسجد هندی بوده و یکی از مراکز تدریس در حوزه علمیه نجف است و در کنار آن کتابخانه آیة الله حکیم و آرامگاه او قرار دارد.
مسجد جواهری
به علت دفن مرحوم صاحب جواهر (رحمه الله) در آن، بدین نام مشهور است.
آرامگاه کُمیل بن زیاد نَخَعی
در میان بزرگراه نجف ـ. کوفه با صحن وسیع و گنبد بزرگی آرامگاه کُمیل بن زیاد نَخَعی از یاران باوفای حضرت علی (علیه السلام) قرار دارد و دعای کمیل که حضرت آن را به وی آموخت، مشهور است.
آرامگاه شیخ طوسی
یکی ازمراکز تدریس حوزه نجف آرامگاه یکی از مشاهیر فق‌های امامیه و مؤسس حوزه علمیه نجف است که به نام «جامع الشیخ الطوسی» واقع در شمال حرم مطهر شناخته می‌شود. وی در سال ۴۶۰هـ. وفات یافت و در خانه خود مدفون گردید که اکنون به آرامگاهی تبدیل شده است و در گوشه‌ای از این مسجد آرامگاه علاّمه آیة الله سید محمد مهدی بحر العلوم قرار گرفته که از مشاهیرعلمای امامیه و متوفای ۱۲۱۲ هـ. است.
